Первое письменное упоминание о Костомаровских пещерах появилось в конце XVIII — начале XIX века. Предполагают, что Костомаровские пещеры в этот период были скитом Белогорского мужского монастыря. После революции 1917 года пещерные обители — как Костомаровский монастырь, так и Успенский Дивногорский и Воскресенский Белогорский монастыри, были закрыты. Но в Костомаровских пещерах тайно продолжали жить некоторые подвижники. В 1946 году было получено разрешение на проведение богослужений в Спасской пещерной церкви, но в 1959 году, после начала хрущёвской антирелигиозной кампании, этот храм вновь закрыт.В июне 1997 года монастырь был возвращён Русской православной церкви.